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全轉錄組測序
產品簡介
轉(zhuan)錄組(zu)測(ce)序(xu)是通過高(gao)通量測(ce)序(xu)技術(shu)全面快速的(de)獲得某(mou)(mou)一(yi)(yi)物(wu)種特(te)定組(zu)織或器官在(zai)某(mou)(mou)一(yi)(yi)狀態下的(de)幾乎所有轉(zhuan)錄本序(xu)列信(xin)息(xi)，包括編碼RNA和非(fei)編碼RNA，結合生物(wu)信(xin)息(xi)技術(shu)獲得RNA的(de)表(biao)達和調(diao)控(kong)信(xin)息(xi)，檢(jian)測(ce)多種RNA的(de)表(biao)達和變化，同時建立不(bu)同類型的(de)非(fei)編碼RNA與mRNA之(zhi)間的(de)調(diao)控(kong)關系，探索(suo)RNA之(zhi)間的(de)相互作用，構(gou)建潛在(zai)的(de)RNA調(diao)控(kong)網絡，系統(tong)的(de)揭示生物(wu)現象(xiang)背后RNA世界的(de)轉(zhuan)錄調(diao)控(kong)規律(lv)。
技(ji)術路線(xian)圖(tu)
結果展示
基(ji)因表達量小(xiao)提琴圖(tu)(tu)（左）； 樣(yang)本(ben)相關性圖(tu)(tu)（中(zhong)）； 差異表達基(ji)因火(huo)山圖(tu)(tu)（右(you)）
差異(yi)基因在染色體上的分布(bu)圖（左）； 差異(yi)表達(da)模式聚類圖（中(zhong)）； circRNA-miRNA-mRNA網絡圖（右）
送樣要求
應用方向
應用案例
全(quan)轉錄組測序識別與膽管癌相(xiang)關的關鍵轉錄組特征(zheng)
Whole-transcriptome sequencing identifies key differentially expressed mRNAs, miRNAs, lncRNAs, and circRNAs associated with CHOL
發(fa)表雜志：Therapy-Nucleic Acids（IF： 8.886） ； 發表時間： 2020年 9月； 應用技術： 全轉錄組(zu)測序(xu)
為(wei)了系統地評估膽(dan)管癌（CHOL） 的(de)(de)(de)(de)全轉(zhuan)錄組測(ce)序數據(ju)，以(yi)進(jin)一步了解該癌癥的(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)錄組學特(te)征和(he)分(fen)子機制，本研(yan)究對8例CHOL患者的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)（C） 和(he)相應的(de)(de)(de)(de)非腫(zhong)(zhong)瘤(liu)鄰近腫(zhong)(zhong)瘤(liu)（CP） 進(jin)行了全轉(zhuan)錄組測(ce)序。與(yu)對照組相比(bi)，CHOL樣本中總共(gong)發現了2,895個(ge)差(cha)(cha)異(yi)表達的(de)(de)(de)(de)mRNA， 56個(ge)差(cha)(cha)異(yi)表達的(de)(de)(de)(de)microRNA， 151個(ge)差(cha)(cha)異(yi)表達的(de)(de)(de)(de)lncRNA和(he)110個(ge)差(cha)(cha)異(yi)表達的(de)(de)(de)(de)circRNA。對與(yu)miRNA、 lncRNA和(he)circRNA相關的(de)(de)(de)(de)差(cha)(cha)異(yi)表達基因的(de)(de)(de)(de)富集分(fen)析(xi)也鑒定了剪接體的(de)(de)(de)(de)功能。下(xia)(xia)調(diao)的(de)(de)(de)(de)hsa-miR-144-3p在競爭性(xing)內源性(xing)RNA（ceRNA） 復(fu)合(he)體網絡中顯著富集，其中還包括7個(ge)上調(diao)和(he)13個(ge)下(xia)(xia)調(diao)的(de)(de)(de)(de)circRNAs、 7個(ge)上調(diao)的(de)(de)(de)(de)lncRNAs、 90個(ge)上調(diao)和(he)40個(ge)下(xia)(xia)調(diao)的(de)(de)(de)(de)mRNAs。
研(yan)究路線圖(tu)（左(zuo)）； KEGG 通路富集的氣泡圖(tu)（右）
lncRNA-miRNA-mRNA互作網絡(luo)（左）； 競爭性內(nei)源性RNA(ceRNA)網絡(luo)（右）
